Al principio, los españoles encontraron poco atractivo el sabor de las bebidas de cacao, y la abundante espuma que se pegaba a los labios les pareció francamente repulsiva. Gradualmente, los sabores desconocidos de los condimentos mesoamericanos fueron descartados en favor del azúcar, y la bebida endulzada se empezó a conocer con el nombre de "chocolate", que de acuerdo con el médico botánico Francisco Hernández, designaba originalmente una bebida indígena preparada con partes iguales de cacao y semillas de ceiba molidas.

Las damas criollas no dejaron de apreciar las virtudes cosméticas del cacao, en tanto que sus propiedades medicinales fueron objeto de gran atención para los europeos. Fuentes y Guzmán describió los usos de la manteca de cacao: "le tienen y aplican los médicos por útil medicina, como también por provechosa y refrigerante untura, a todo género de fuego: y la aplican a el hígado y a el pulmón, como asimismo para la tez que con ansia solicitan las damas".

En Guatemala, el decaimiento de las cosechas de cacao fue una preocupación recurrente hasta el fin de la época colonial, cuando la menguada producción llegó a ser insuficiente para abastecer el mercado local. La frustración que provocaba la competencia cada vez mayor de los cacaos sudamericanos se refleja en las palabras de fray Francisco Ximénez: "El mejor que se conoce absolutamente se da en la villa de Sonsonate, y luego el de Xoconusco, y después el de Guazacapán. El de Caracas, es malo, y de mal sabor. Y peor el de Guayaquil." En 1799 la Sociedad Económica de Amigos del País premió la investigación del doctor Antonio García Redondo, Memoria para el Fomento de las Cosechas de Cacao y Otros Ramos de la Agricultura, pero el esfuerzo no se tradujo en una mejoría de la producción, que continuó en franca decadencia. No así el gusto de los guatemaltecos por el chocolate, como lo plasma José Batres Montúfar en su relato de las costumbres de un gentilhombre criollo al final de la colonia: